我校交通运输系是学校重点建设系部，现有专任教师34名，企业外聘教师7名，在籍学生718名，开设了汽车运用与维修专业、汽车新能源专业、汽车车身修复专业、港口机械运用于维护专业和铁路客服专业，汽车实训中心建筑面积约6000平方米，仪器设备总值1300余万元。通过教育部牵头校企合作项目，目前已建有德国博世汽车故障诊断实训中心、美国PPG公司汽车联合涂装培训中心、麦特奔腾ARS汽车钣金维修培训中心、焊接实训中心、港口机械实训中心共5个，拥有汽车发动机、汽车电控、汽车电气、汽车空调、汽车整形美容、汽车虚拟仿真、焊接实训室等近20处实训场所。先后被评为国家级紧缺人才培训基地、江苏省品牌专业、江苏省示范性实训基地、江苏省现代化专业群等荣誉。交通运输系非常重视师生技能水平的提升，在省市、国家、国际比赛赛场上取得优异的成绩，并且通过以赛促学、以赛促教方式，为企业培养大量技术能手和优质毕业生，得到了企业广泛认可。近三年，在国家省级职业院校技能大赛汽车修理类汽车机修、汽车钣金、汽车喷漆、焊接技术等项目中，共获8金12银9铜。5名同学通过参加技能比赛免试升入本科院校继续升造。这也是我校在长期的办学过程中重视技能教育，坚持培养应用性人才所取得的优异成绩。     

目前系部与连云港市汽车维修协会、奔驰、别克、广州本田等4S店、连云港东方远通等多家企业开展校企合作办学，成立了企业学院。校企双方通过“四个对接”（学校与企业对接、课堂与基地对接、培训与需求对接、教师与专家对接），从顶层设计到基层操作均为校企合作铺平了道路。